Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LMX1AQ8TE12 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms