Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX2P35548 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX2P35548 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX2P35548 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX2P35548 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX2P35548 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX2P35548 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX2P35548 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms