Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS54Q9P1Q0 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms