Protein–RNA interactions for Protein: Q9NWM3

CUEDC1, CUE domain-containing protein 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 386 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUEDC1Q9NWM3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUEDC1Q9NWM3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUEDC1Q9NWM3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CUEDC1Q9NWM3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUEDC1Q9NWM3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms