Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TDP1Q9NUW8 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
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