Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC28BQ9BUN5 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms