Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS39Q96JC1 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS39Q96JC1 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS39Q96JC1 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms