Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP39Q53GS9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP39Q53GS9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP39Q53GS9 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75 ms