Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP41Q3LFD5 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP41Q3LFD5 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.6 ms