Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC29■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN9AQ15858 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SCN9AQ15858 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN9AQ15858 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
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