Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG3P49916 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG3P49916 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG3P49916 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG3P49916 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG3P49916 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG3P49916 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIG3P49916 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG3P49916 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG3P49916 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG3P49916 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG3P49916 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG3P49916 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG3P49916 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG3P49916 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG3P49916 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG3P49916 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG3P49916 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
LIG3P49916 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIG3P49916 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIG3P49916 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIG3P49916 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIG3P49916 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIG3P49916 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIG3P49916 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIG3P49916 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIG3P49916 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIG3P49916 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIG3P49916 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
LIG3P49916 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG3P49916 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG3P49916 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG3P49916 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG3P49916 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG3P49916 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG3P49916 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG3P49916 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG3P49916 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG3P49916 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG3P49916 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG3P49916 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG3P49916 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG3P49916 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms