Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
SCN4AP35499 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SCN4AP35499 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms