Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
COL5A1P20908 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL5A1P20908 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL5A1P20908 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL5A1P20908 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.7 ms