Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS4BO75351 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS4BO75351 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS4BO75351 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms