Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDB3O75112 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDB3O75112 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDB3O75112 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDB3O75112 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDB3O75112 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDB3O75112 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDB3O75112 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDB3O75112 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LDB3O75112 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDB3O75112 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDB3O75112 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDB3O75112 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDB3O75112 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDB3O75112 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDB3O75112 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDB3O75112 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDB3O75112 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDB3O75112 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDB3O75112 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDB3O75112 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDB3O75112 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDB3O75112 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LDB3O75112 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDB3O75112 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDB3O75112 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDB3O75112 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDB3O75112 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LDB3O75112 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDB3O75112 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDB3O75112 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LDB3O75112 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms