Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140 ms