Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ALOX15-202ENST00000570836 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TAF5-201ENST00000369839 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
IFT88Q13099 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms