Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHMP3Q9Y3E7 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms