Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
TDP1Q9NUW8 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
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TDP1Q9NUW8 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TDP1Q9NUW8 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
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