Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
NUP88Q99567 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms