Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms