Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
PTPN4P29074 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms