Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS4AQ9UN37 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 168.5 ms