Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms