Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.1 ms