Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SOX4Q06945 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SOX4Q06945 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.6 ms