Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms