Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TDP1Q9NUW8 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
TDP1Q9NUW8 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TDP1Q9NUW8 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms