Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC3Q9NQT5 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
EXOSC3Q9NQT5 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
EXOSC3Q9NQT5 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms