Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS35Q96QK1 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS35Q96QK1 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS35Q96QK1 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.1 ms