Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM40Q6P9F5 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM40Q6P9F5 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 213 ms