Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
VPS53Q5VIR6 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS53Q5VIR6 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms