Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
HOXA4Q00056 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXA4Q00056 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms