Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIM2P55344 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIM2P55344 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
LIM2P55344 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIM2P55344 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIM2P55344 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIM2P55344 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIM2P55344 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIM2P55344 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIM2P55344 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIM2P55344 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIM2P55344 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIM2P55344 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIM2P55344 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIM2P55344 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIM2P55344 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIM2P55344 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LIM2P55344 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIM2P55344 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIM2P55344 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIM2P55344 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIM2P55344 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIM2P55344 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
LIM2P55344 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIM2P55344 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIM2P55344 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIM2P55344 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIM2P55344 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIM2P55344 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIM2P55344 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIM2P55344 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIM2P55344 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIM2P55344 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIM2P55344 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIM2P55344 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIM2P55344 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIM2P55344 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIM2P55344 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIM2P55344 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIM2P55344 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIM2P55344 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
LIM2P55344 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIM2P55344 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIM2P55344 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIM2P55344 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
LIM2P55344 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIM2P55344 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIM2P55344 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIM2P55344 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms