Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COPB1P53618 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COPB1P53618 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COPB1P53618 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COPB1P53618 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COPB1P53618 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
COPB1P53618 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COPB1P53618 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COPB1P53618 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COPB1P53618 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COPB1P53618 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COPB1P53618 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COPB1P53618 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COPB1P53618 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COPB1P53618 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COPB1P53618 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COPB1P53618 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COPB1P53618 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COPB1P53618 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COPB1P53618 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COPB1P53618 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COPB1P53618 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COPB1P53618 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COPB1P53618 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COPB1P53618 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COPB1P53618 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COPB1P53618 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COPB1P53618 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COPB1P53618 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COPB1P53618 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COPB1P53618 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COPB1P53618 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COPB1P53618 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COPB1P53618 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COPB1P53618 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COPB1P53618 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COPB1P53618 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COPB1P53618 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COPB1P53618 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COPB1P53618 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COPB1P53618 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COPB1P53618 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COPB1P53618 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms