Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMS1P48059 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms