Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC3O75056 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC3O75056 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SDC3O75056 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SDC3O75056 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SDC3O75056 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC3O75056 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC3O75056 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC3O75056 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDC3O75056 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SDC3O75056 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDC3O75056 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC3O75056 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC3O75056 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC3O75056 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDC3O75056 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDC3O75056 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC3O75056 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC3O75056 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC3O75056 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SDC3O75056 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDC3O75056 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SDC3O75056 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDC3O75056 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC3O75056 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC3O75056 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC3O75056 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC3O75056 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDC3O75056 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SDC3O75056 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SDC3O75056 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC3O75056 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC3O75056 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC3O75056 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDC3O75056 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDC3O75056 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms