Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SMKR1H3BMG3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
SMKR1H3BMG3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
SMKR1H3BMG3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms