Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.2 ms