Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXC9P31274 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms