Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
NPHP3Q7Z494 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms