Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMA1Q9UHB6 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMA1Q9UHB6 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms