Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms