Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LHX1P48742 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LHX1P48742 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LHX1P48742 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LHX1P48742 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms