Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PLXND1-202ENST00000501038 1633 ntTSL 1 (best)19.23■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-212ENST00000542040 914 ntTSL 219.21■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-251ENST00000639061 1473 ntTSL 519.21■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-216ENST00000569898 582 ntTSL 319.2■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLXND1-204ENST00000504524 1701 ntTSL 1 (best)19.18■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIFC2-206ENST00000533114 786 ntTSL 319.17■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNK2-217ENST00000478623 565 ntTSL 419.16■□□□□ 0.664e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-211ENST00000573564 1470 ntTSL 1 (best)19.16■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STEAP1B-205ENST00000483679 1054 ntTSL 1 (best)19.13■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ECHDC1-216ENST00000479525 1368 ntTSL 519.11■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 YTHDF2-207ENST00000496288 879 ntTSL 219.11■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-227ENST00000556736 1689 ntTSL 219.11■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARMCX3-204ENST00000477980 833 ntTSL 319.09■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1orf159-218ENST00000482816 982 ntTSL 519.08■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARAP1-221ENST00000546293 702 ntTSL 319.06■□□□□ 0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AMPD2-216ENST00000527846 585 ntTSL 419.05■□□□□ 0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CTNNA1-206ENST00000517980 696 ntTSL 419.04■□□□□ 0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-203ENST00000411557 615 ntTSL 519.03■□□□□ 0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-225ENST00000555928 720 ntTSL 1 (best)19.03■□□□□ 0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VILL-208ENST00000484717 2072 ntTSL 1 (best)19.02■□□□□ 0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-208ENST00000453846 558 ntTSL 419■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-209ENST00000419396 914 ntTSL 519■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-215ENST00000520714 1351 ntTSL 518.99■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PASK-208ENST00000452907 565 ntTSL 418.97■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-206ENST00000537907 602 ntTSL 318.95■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNMT1-215ENST00000588913 1775 ntTSL 518.94■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-212ENST00000467586 2393 ntTSL 218.93■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUTM2B-AS1-204ENST00000483080 864 ntTSL 218.91■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLOT2-207ENST00000581509 426 ntTSL 218.9■□□□□ 0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIH1D1-204ENST00000594845 489 ntTSL 518.87■□□□□ 0.611e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIH1D1-214ENST00000597577 698 ntTSL 518.87■□□□□ 0.611e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIH1D1-210ENST00000596651 741 ntTSL 318.87■□□□□ 0.611e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIH1D1-202ENST00000593629 1084 ntTSL 318.87■□□□□ 0.611e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 COL9A3-205ENST00000466192 2194 ntTSL 218.85■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-270ENST00000513043 604 ntTSL 418.84■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-211ENST00000462821 623 ntTSL 318.83■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-206ENST00000475924 566 ntTSL 318.83■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-204ENST00000416285 744 ntTSL 318.83■□□□□ 0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-209ENST00000637101 2651 ntTSL 518.82■□□□□ 0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AMPD2-212ENST00000486282 582 ntTSL 418.77■□□□□ 0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNK2-203ENST00000411741 600 ntTSL 418.77■□□□□ 0.64e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PEPD-209ENST00000590755 547 ntTSL 318.76■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-203ENST00000394776 2818 ntTSL 218.76■□□□□ 0.596e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SH3BP2-223ENST00000512131 615 ntTSL 218.75■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPI-217ENST00000592277 615 ntTSL 418.75■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-205ENST00000481432 958 ntTSL 318.74■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-202ENST00000467022 520 ntTSL 418.74■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-257ENST00000505534 673 ntTSL 418.74■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAPTM5-202ENST00000464569 953 ntTSL 518.74■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-204ENST00000478020 473 ntTSL 418.74■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LMBR1-206ENST00000430825 1208 ntTSL 518.73■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTERF2-204ENST00000548101 715 ntTSL 318.7■□□□□ 0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-206ENST00000635779 2542 ntTSL 518.66■□□□□ 0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCD-208ENST00000572389 776 ntTSL 218.64■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-224ENST00000554639 1712 ntTSL 1 (best)18.63■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTERF2-205ENST00000550496 418 ntTSL 318.63■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED26-204ENST00000598608 742 ntTSL 318.62■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-205ENST00000442541 563 ntTSL 518.62■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SFI1-221ENST00000476577 1485 ntTSL 1 (best)18.62■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATP13A1-204ENST00000467160 2431 ntTSL 218.61■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-208ENST00000539595 1809 ntTSL 518.61■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEXA-203ENST00000563908 524 ntTSL 218.58■□□□□ 0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIH1D1-211ENST00000596895 438 ntTSL 218.57■□□□□ 0.561e-10■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1270.1 ms