Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms