Protein–RNA interactions for Protein: Q86TL0

ATG4D, Cysteine protease ATG4D, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4DQ86TL0 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ATG4DQ86TL0 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms