Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms