Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
IFT88Q13099 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms