Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.5 ms